Statistical tests for hardy-weinberg equilibrium and linkage disequilibrium: graphical methods in the presence of multiple markers

• Autores: Jair Gabriel Morales Camarena
• Directores de la Tesis: Jan Graffelman (dir. tes.)
• Lectura: En la Universitat Politècnica de Catalunya (UPC) ( España ) en 2009
• Idioma: inglés
• Tribunal Calificador de la Tesis: Erik Cobo (presid.) , Juan José Egozcue Rubí (secret.) , Emilio A. Carbonell (voc.) , Peter De Knijff (voc.) , Miguel Pérez Enciso (voc.)
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• Resumen

  • En esta tesis se presenta un nuevo método estadístico para probar gráficamente el equilibrio de Hardy- Weinberg (HW), Se ha obtenido la expresión matemática de las curvas que delimitan la región de aceptación de la prueba ji-cuadrada con y sin corrección en el Diagrama de Finetti. Los gráficos propuestos pueden servir para controlar marcadores problemáticos en estudios de genotipado a gran escala, así como constituir una excelente herramienta gráfica para la exploración de marcadores bialélicos.

    Por otra parte, se introducen dos métodos que permiten probar el equilibrio de HW para un conjunto de frecuencias genotípicas en una sola prueba estadística. En el primer método, se propone un análisis de regresión que modela la relación entre las frecuencias genotípicas bajo el principio de equilibrio de HW. Mediante una prueba de hipótesis para igualdad entre el parámetro teórico y el estimado, se obtiene un p-valor global para un conjunto de marcadores.

    En el segundo método, se deduce la estructura de la matriz de covarianzas de la trasformación logcociente centrada de las frecuencias genotípicas, así como los componentes principales teóricos de tal matriz bajo el supuesto de equilibrio de HW. A partir de la transformación de la frecuencia de los heterocigotos, se propone una prueba de hipótesis que nos permite obtener un p-valor global para un marcador genotipado en múltiples poblaciones.

    Estas pruebas estadísticas pueden ser útiles para reducir el riesgo de reportar falsos positivos.

    Igualmente pueden constituir una excelente herramienta para explorar el desequilibrio de HW en amplias zonas de un cromosoma.

    En la segunda parte, se presenta un estudio de desequilibrio de fase gamética en 38 poblaciones humanas. Las poblaciones provienen de la mayoría de las regiones geográficas habitadas por los grupos humanos actuales. Si bien se han encontrado patrones comunes de desequilibrio entre algunas poblaciones de una misma región, los resultados sugieren que en la mayoría de las regiones existe más de un sólo patrón.

    Al hacer pruebas de desequilibrio entre pares de loci se tienden a generar numerosas pruebas estadísticas dependientes. En esta tesis, se han diseñado gráficos que utilizan únicamente el resultado de pruebas independientes. Los gráficos propuestos son útiles para estudiar la tasa de caída de desequilibrio, además de resumir adecuadamente la información dada por las numerosas pruebas generadas en un análisis estándar de desequilibrio de fase gamética.