Genes Involved in the Seminoma Testicular Cancer: A Bioinformatic Study

• Párraga-Álava, Jorge Antonio ^[1]
  1. [1] Universidad de Santiago de Chile

     Universidad de Santiago de Chile

     Santiago, Chile

     
• Localización: Revista Politécnica, ISSN-e 2477-8990, Vol. 38, Nº. 1, 2016 (Ejemplar dedicado a: Revista Politécnica), págs. 1-1
• Idioma: inglés
• Enlaces
  • Texto completo
• Resumen

  • Abstract: This study aims to identify genes differentially expressed between: (1) normal tissue samples and tissue samples with testicular cancer, and (2) progress stages of testicular seminoma (cancer). In this context, data for the experiments were obtained from the Repository of the National Center for Biotechnology Information (NCBI). On them a cleaning process and pre-processing was performed through the elimination of null or missing values, then, and in order to perform dimensionality reduction of data on them, statistical test t-student was applied to establish genes with capacity to discriminate between the different conditions. Next, Significance Analysis of Microarrays (SAM) was carried out to identify genes that were differentially expressed. Thereby a set of 40 differentially expressed genes in normal samples and cancer samples; and 11 genes in the case of the stages of the disease were identified, all of them were subjected to a functional biological analysis. Finally, it was evidenced that genes HSPA2, SPINK2 and POU5F1P3 were coincident with previous studies in terms of being labeled as genes responsible for seminoma testicular cancer. Resumen: Este estudio tuvo como objetivo identificar genes diferencialmente expresados entre: (1) muestras de tejido normal y muestras de tejido con cáncer testicular, y (2) etapas de progresión del seminoma testicular (cáncer). En este contexto, los datos para realizar los experimentos fueron obtenidos del Repositorio del Centro Nacional de Información Biotecnológica (NCBI). Sobre ellos se realizó un proceso de limpieza y el pre-procesamiento a través de la eliminación de los valores nulos o datos faltantes, luego, y con el objetivo de realizar reducción de dimensionalidad de los datos, se aplicó el test estadístico t-student para establecer genes con capacidad discriminatoria entre las distintas condiciones. Enseguida, se aplicó el Análisis de Significancia de Microarreglos (SAM) para identificar los genes que estaban expresados diferencialmente. Con ello se identificó un conjunto de 40 genes diferencialmente expresados en muestras normales y muestras con cáncer; y 11 genes en el caso de las etapas de dicha enfermedad, todos ellos fueron sometidos a un análisis biológico funcional. Por último, se evidenció que los genes HSPA2, SPINK2 y POU5F1P3 coinciden con estudios previos en cuanto a ser catalogados como genes responsables del cáncer testicular tipo seminoma.  

• Referencias bibliográficas
  • Aparicio, J., Maroto, P., García del Muro, X., Sánchez-Munoz, A., Guma, J., Margelí, M., . . . Arranz, J. A. (2014). Prognostic factors for...
  • Ashburner, M., Ball, C., Blake, J., Botstein, D., Butler, H., Cherry, J. M., . . . others. (2000). Gene Ontology: tool for the unification...
  • Berger, M., Levin, J., Vijayendran, K., Sivachenko, A., Adiconis, X., Maguire, J., . . . Sougnez, C. (2010). Integrative analysis of the melanoma...
  • Binns, D., Dimmer, E., Huntley, R., Barrell, D.,… Apweiler, R. (2009). QuickGO: a web-based tool for Gene Ontology searching. Bioinformatics,...
  • Bray, F., Ferlay, J., Devesa, S., McGlynn, K., & Moller, H. (2006). Interpreting the international trends in testicular seminoma and nonseminoma...
  • Cuccurullo, V., & Mansi, L. (2011). AJCC Cancer Staging Handbook: from the AJCC Cancer Staging Manual. European Journal of Nuclear Medicine...
  • Gashaw, I., Grummer, R., Klein-Hitpass, L., Dushaj, O., Bergmann, M., Brehm, R., . . . Kliesch, S. (2005). Gene signatures of testicular seminoma...
  • GO Consortium. (2015). Gene Ontology Consortium: going forward. Nucleic Acids Research, 43(D1), D1049-D1056.
  • Huang, D. W., Sherman, B. T., & Lempicki, R. A. (2008). Systematic and integrative analysis of large gene lists using DAVID bioinformatics...
  • Lau, S., Weiss, L., & Chu, P. (2010). TCL1 Protein Expression in Testicular Germ Cell Tumors. American Journal of Clinical Pathology,...
  • McGlynn, K., & Trabert, B. (2012). Adolescent and adult risk factors for testicular cancer. Nature Reviews Urology, 9(1), 339-349.
  • Moreno, A., Domínguez, A., Alpuente, C., Hernando, A., Torres, J., & Cabrera, J. (2014). Características de la forma de presentación del...
  • Schwender, H. (2011). Siggenes: Multiple Testing using SAM and Efron Empirical Bayes Approaches. R package version.
  • Sheikine, Y., Genega, E., Melamed, J., Lee, P., Reuter, V., & Ye, H. (2012). Molecular genetics of testicular germ cell tumors. American...
  • Syrenne, R., Shi, W., Stewart, C., & Yuan, J. S. (2012). Omics platforms: Importance of twenty-first century genome-enabled technologies...
  • Tandstad, T., Dahl, O., Cohn-Cedermark, G., Cavallin-Stahl, E., Stierner, U., Solberg, A., & Langberg. (2009). Risk-adapted treatment...
  • Turnbull, C., Rapley, E., Seal, S., Pernet, D., Renwick, A., Hughes, D., . . . Easton, D. (2010). Variants near DMRT1, TERT and ATF7IP are...
  • Tusher, V., Tibshiraniand, R., & Chu, G. (2001). Significance analysis of microarrays applied to the ionizing radiation response. Proceedings...
  • Vidal, I. (2014). El cáncer que afecta principalmente a hombres jóvenes en Chile. Centro Oncológico Oncovida.
  • Wickham, H. (2015). R: A Language and Environment for Statistical Computing. R Foundation for Statistical Computing.