Some improvements to the Erik+2 method for unbalanced partitions

• Oscar Rivero Salgado ^[1] ; Pol Torrent i Soler ^[1]
  1. [1] Universitat Politècnica de Catalunya

     Universitat Politècnica de Catalunya

     Barcelona, España

     
• Localización: Reports@SCM: an electronic journal of the Societat Catalana de Matemàtiques, ISSN-e 2385-4227, Vol. 2, Nº. 1, 2016, págs. 11-20
• Idioma: inglés
• Enlaces
  • Texto completo
• Resumen
  • català

    En aquest article proposem millores al mètode Erik+2, que s'empra per obtenir la distribució de les espècies a les fulles d'un arbre filogenètic, suggerint solucions als problemes provocats per la falta de dades experimentals quan es tracta amb un nombre elevat d'espècies. Presentem una nova tècnica per calcular les puntuacions assignades a cada distribució que es basa en aplicar successivament el mètode Erik+2 tenint en compte les files i columnes més plenes de la matriu de dades observades i compensant les puntuacions obtingudes per files i per columnes segons les dimensions de la matriu. Segons aquestes dimensions també proposem normalitzacions de les puntuacions obtingudes.

  • English

    We aim to improve the Erik+2 method for obtaining the right distributions at the leaves of a phylogenetic tree, by addressing the problems that are due to the lack of enough experimental data when dealing with a high number of species. We introduce a new procedure based on successive applications of the Erik+2 method to take into account the most filled rows and columns of the observed data matrix and on balancing the scores obtained from both rows and columns. We also propose normalizations to compare the scores based on the dimensions of the data matrix. 

• Referencias bibliográficas
  • N. Eriksson, “Tree construction using singular value decomposition”, in Algebraic Statistics for computational biology, 347–358, CambridgeUniversity...
  • M. Casanellas and J. Fernandez-Sanchez, “Relevant phylogenetic invariants of equivariant models”, J. de mathematiques Pures et...
  • J. Fernandez-Sanchez, M. Casanellas, “Invariant versus quartet inference when evolution is heterogeneous across sites and lineages”,Systematic...
  • E. Allman, J.A. Rhodes, “Phyogenetic ideals and varieties for the general Markov model”, Adv. in Appl. Math.40(2008), 127–148