Optimización del proceso de llenado de placas PCR en secuenciación Sanger

• Carpente R., M. Luisa ^[1] ; Cerdeira-Pena, Ana ^[2] ; Lorenzo-Freire, Silvia ^[1] ; Places, Ángeles S. ^[2]
  1. [1] Grupo MODES, Departamento de Matemáticas, Universidade da Coruña
  2. [2] Laboratorio de Bases de Datos, Departamento de Ciencias de la Computación, Universidade da Coruña
• Localización: XII Congreso Galego de Estatística e Investigación de Operacións: Lugo, 22-23-24 de outubro de 2015. Actas / María José Ginzo Villamayor (ed. lit.), José María Alonso Meijide (ed. lit.) , Luis Alberto Ramil Novo (ed. lit.), 2015, ISBN 978-84-8192-522-7, págs. 15-20
• Idioma: español
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  • En este trabajo se resuelve el problema de optimización relativo al proceso de llenado de placas PCR en secuenciación Sanger. El objetivo de este problema de optimización es obtener la disposición de los fragmentos de muestras de ADN en placas PCR, minimizando el número de placas PCR a utilizar y maximizando el porcentaje de llenado de éstas. Para ello, se han de tener en cuenta una serie de restricciones impuestas por el funcionamiento de las máquinas en que las placas son procesadas (los termocicladores) , así como derivadas de las propias reacciones PCR. Para resolver este problema de optimización se ha hecho uso de herramientas heurísticas, en concreto, se ha utilizado el método de simulated annealing. De esta forma, se ha creado una librería software, llamada simPCR, fácilmente integrable en otras aplicaciones, y que, actualmente, ya está siendo utilizada con éxito en entornos productivos reales de laboratorios de análisis clínicos genéticos.