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Generalización de dos métodos de detección de conglomerados. Aplicaciones en bioinformática.

  • Rodríguez Corvea, Laureano [2] ; Casas Cardoso, Gladys M. [1] ; Grau Abalo, Ricardo [1] ; Pupo Meriño, Mario [1]
    1. [1] Universidad Central

      Universidad Central

      Hospital, Costa Rica

    2. [2] Facultad de Ciencias Médicas de Sancti Spíritus, Departamento de Informática
  • Localización: Revista de Matemática: Teoría y Aplicaciones, ISSN 2215-3373, ISSN-e 2215-3373, Vol. 15, Nº. 1, 2008, págs. 27-40
  • Idioma: español
  • DOI: 10.15517/rmta.v15i1.286
  • Enlaces
  • Resumen
    • español

      En este art´?culo se propone una modificaci´on a los m´etodos de detecci´on de conglomeradosde enfermos en el tiempo, para que puedan utilizarse en otras ramas delsaber. Se muestran especificaciones particulares en los m´etodos Scan y Grimson. Losdatos originales se transforman en una secuencia binaria donde los “unos” representanla categor´?a de inter´es y los “ceros” se corresponden con los dem´as casos. Las transformacionesparticulares de los algoritmos se implementaron en el paquete Mathematica.Adem´as se presentan varias aplicaciones interesantes del campo de la bioinform´atica.Palabras clave: Conglomerados temporales, m´etodo Scan, m´etodo de Grimson, aplicacionesbioinform´aticas.

    • English

      This paper presents a modification to the temporal disease clusters methods inorder to apply them to other sciences. Particular specifications are shown in Scanand temporal Grimson techniques. The original data are transformed in a binary sequence:the value “one” represents the interest category and value “zero” correspondsto all other cases. Computational transformations of the algorithms are implementedusing Mathematica Package. Besides some interesting bioinformatics applications arepresented.Keywords: Temporal disease clusters, Scan method, Grimson method, Bioinformaticsapplications.

  • Referencias bibliográficas
    • Alakurtti, K.; Weber, E.; Rinne, R.; Theil, G.; Lindhout, D.; Salmikangas, P.; Saukko, P.; Lahtinen, U. (2005) “Loss of lysosomal association...
    • Altschul, S.F. (1996) “Local alignment statistics”, Meth. Enzymol 274: 460–480.
    • Altschul, S. F.; Madden, T. L.; Schaffer, A. A.; Zhang, J.; Zhang, Z.; Miller, W.; Lipman, L. J. (1997) “Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new...
    • Bailey, N. T. J. (1975). The mathematical theory of infectious diseases and its applications. Charles Griffin & Company LTD, Second Edition.
    • Casas, G; Grau, R. (2001) “Validación de dos métodos de detección de conglomerados temporales usando un modelo de epidemia simple”, Investigación...
    • Casas, G. (2003) Técnicas de Detección de Conglomerados Incluyendo Factores Adicionales. Tesis de Doctorado, Universidad Central de Las...
    • Casas, G.; Grau, R.; Cardoso, G. (2004) “Introducción de factores de riesgo en los métodos de Knox y Grimson para el estudio de conglomerados...
    • Gentle, J.E.; Hardle, W.; Mori, Y. (2004) Handbook of Computacional Statistics. Springer, Heidelberg.
    • Grimson, R. (1993) “Disease clusters, exact distributions of maxima and p-values”, Statistics in Medicine 12: 1773–1794.
    • Grimson, R.; Rose, R. (1991) “A versatile test for clustering and a proximity analysis of neurons”, Meth. Inform. in Med. 30: 299–303.
    • Grimson, R. (1994) “Disease cluster test based on the maximum occupancy frequency”, Proceedings of the section on Epidemiology, American Statistical...
    • Jacquez, G.; Waller, L. (1964) “Disease cluster statistics for imprecise space-time locations”, Statistics in Medicine 15: 873–85.
    • Jacquez, G. (1996) “The analysis of disease clusters, part I: state of the art” , Infection Control and Hospital Epidemiology 17(5): 319–327.
    • Jacquez, G. (1996) “The analysis of disease clusters, part II: introduction to techniques”, Infection Control and Hospital Epidemiology 17(6):...
    • Jain, A.K.; Murty, M.N.; Flynn, P.J. (1999) “Data clustering: a review”, ACM Computing Surveys 31(3): 264–323.
    • Knox, E. (1964) “The detection of spece-time interactions” , Appl. Statist. 13: 25–29.
    • Langrand, C. (2005) “Scan Statistics: definición y ejemplos”, Seminario ANY 2005. Universidad Politécnica de Cataluya. España.
    • Nagarwilla, N. (1996) “A Scan statistic with a variable window”, Stat. in Med. 15: 845–850.
    • Nauss, J. I. (1982) “Approximations for distributions of Scan statistics”, Journal of the American Statistical Association 77: 177–183.
    • Robinson, D. O.; Hammans, S. R. (2005) “Oculopharyngeal muscular dystrophy (OPMD): analysis of the PABPN1 gene expansion sequence in 86 patients...
    • Rodríguez, L.; Casas, G.; Grau, R.; Pupo, M. (2006) “Scan Statistics. Bioinformatics Applications”, First International WorkShop on Bioinformatics...
    • Rodríguez, L.; Casas, G.; Grau, R. (2006) “Aplicación de los métodos Scan en Bioinformática” Uciencia 2006. II Conferencia Científica,...
    • Volfovsky, N., Haas, B.J. (2001) “A clustering method for repeat analysis in DNA sequences”, Genome Biology 2(8)

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