Repasada la significación y los fundamentos del concepto funcional y la posición legal de esta clase de alimentos en el marco comunitario, se atiende a la diferenciación de los mismos según posean propiedades funcionales naturales o les hayan sido transmitidas artificialmente vía industria alimentaria. Centrados en los primeros, el carácter funcional puede a su vez aparecer por sí mismo o ser inducido de manera expresa actuando sobre alguno de los factores intervinientes en el proceso productivo, opciones ambas que son revisadas independientemente para los alimentos de origen vegetal primero y los de origen animal después. En un apartado posterior se valora la posibilidad de que el carácter funcional sea reconocido como marca de calidad alimenticia.
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