Combinatòria i biologia: funcions d'inferència i alineació de seqüènces

• Autores: Sergi Elizalde Torrent
• Localización: Butlletí de la Societat Catalana de Matemàtiques, ISSN 0214-316X, Vol. 21, Nº. 1, 2006, págs. 39-52
• Idioma: catalán
• Texto completo no disponible (Saber más ...)
• Resumen

  • Aquest article mostra alguns exemples d¿aplicació d¿eines combinatòries a problemes en biologia computacional. Els models estadístics s¿usen per resoldre qüestions provinents de la biologia, com per exemple per determinar quines parts del genoma es tradueixen a proteïnes, o com una seqüència d¿ADN es va transformar en una altra durant l¿evolució, a través d¿una sèrie de mutacions, insercions i supressions. Cada possible resposta té una certa probabilitat que depèn dels paràmetres del model. Quan aquests es coneixen, la resposta més probable, anomenada explicació, s¿obté resolent un problema d¿optimització combinatòria. La funció que envia cada observació a la seva explicació corresponent s¿anomena funció d¿inferència. En aquest article donem una fita superior al nombre de funcions d¿inferència de qualsevol model gràfic dirigit. Aquesta fita és polinòmica en la mida del model, per un nombre fix de paràmetres, i representa una millora respecte a la fita exponencial de Pachter i Sturmfels que es coneixia fins ara. Després apliquem aquesta fita a un model per alineació de seqüències que s¿utilitza en biologia computacional, i veiem que en aquest cas la nostra fita és asimptòticament ajustada.