Análisis del Algoritmo Genético Celular para el Problema de Ensamblado de Cadenas de ADN

• Sabrina Pastrana ^[1] ; Ana Carolina Olivera ^[2] ; Pablo Javier Vidal ^[1]
  1. [1] Universidad Nacional de la Patagonia Austral

     Universidad Nacional de la Patagonia Austral

     Argentina

     
  2. [2] Universidad Nacional de Cuyo

     Universidad Nacional de Cuyo

     Argentina

     
• Localización: Informe Científico Técnico UNPA, ISSN-e 1852-4516, Vol. 11, Nº. 3, 2019, págs. 236-248
• Idioma: español
• DOI: 10.22305/ict-unpa.v11.n3.804
• Títulos paralelos:
  • Analysis of Cellular Genetic Algorithm for the DNA Fragment Assembly Problem
• Enlaces
  • Texto completo (pdf)
• Resumen
  • español

    En este trabajo,presentamos un análisis del comportamiento de un Algoritmo Genético Celular (cGA) aplicado al Problema de Ensamblado de cadenas de Ácido Desoxirribonucleico (ADN-FAP). Se construyeron 12 configuraciones para algoritmo basadas en dos operadores de mutación y dos tamaños de población. Luego de analizar los resultados obtenidos por las distintas configuraciones sobre instancias de la literatura se muestra claramente que los valores obtenidos considerando la utilización de operadores no adaptados al problema son promisorios a nivel de cubrimiento y alineamiento de cadenas de ADN.

  • English

    In this work, an analysis of the behavior of Cellular Genetic Algorithm applied to the Deoxyribonucleic Acid Fragment Assembly Problem (DNA-FAP) is presented. Twelve configurations of the algorithm were constructed based on two mutation operators and two sizes of population. After to analyse the results obtained for the different configurations over literature's instances it is showed clearly that the values obtained -consider the use of non-problem ready operators-are promising with respect to coverage level and alignment of DNA fragments.

• Referencias bibliográficas
  • DÍAZ, B. D. (2006). Diseño e implementación de algoritmos genéticos celulares para problemas complejos. UNIVERSIDAD DE MÁLAGA. Tesis de Maestría.
  • ENGLE, M. L., y Burks, C. (1993). Artificially generated data sets for testing DNA sequence assembly algorithms. Genomics, 16(1), 286–288....
  • GREEN, P. (2009). Phrap, version 1.090518, http://phrap.org.
  • MALLÉN-FULLERTON, G. M., y Fernández-Anaya, G. (2013, June). DNA fragment assembly using optimization. IEEE congress on evolutionary computation...
  • MINETTI, G., Alba, E., y Luque, G. (2008). Seeding strategies and recombination operators for solving the DNA fragment assembly problem. Information...
  • MINETTI, G., Leguizamón, G., y Alba, E. (2012). SAX: a new and efficient assembler for solving dna fragment assembly problem. 41 Jornadas...
  • MINETTI, G. F. (2011). Problema de ensamblado de fragmentos de adn resuelto mediante metaheurı́sticas y paralelismo. UNIVERSIDAD NACIONAL...
  • PEVZNER, P. (2000). Computational molecular biology: An algorithmic approach. MIT Press.
  • SUTTON, G. G., White, O., Adams, M. D., y Kerlavage, A. R. (1995). TIGR assembler: A new tool for assembling large shotgun sequencing projects....
  • VIDAL, P., y Olivera, A. (2018). Ensamblado de fragmentos de adn utilizando un novedoso algoritmo de luciérnaga en GPU. DYNA, 85(204). https://doi.org/10.15446/dyna.v85n204.60078
  • VIDAL, P., y Olivera, A. C. (2014). A parallel discrete firefly algorithm on GPU for permutation combinatorial optimization problems. En G....