Ir al contenido

Documat

Desarrollo de una plataforma computacional para el modelado matabólico de microorganismos

  • Autores: Raymari Reyes Chirino, Jorge Garrido González, Ramón Alexander Jaime Infante, Vinelia Córdova Vázquez, Jullián Triana Dopico Árbol académico, Lizzael Villar García, J. C. Castro Palacios, Pedro Fernández de Córdoba Castellá Árbol académico, Javier Fermín Urchueguía Schölzel Árbol académico, Emilio Navarro Peris, Arnau Montagud Aquino Árbol académico
  • Localización: Nereis: revista iberoamericana interdisciplinar de métodos, modelización y simulación, ISSN 1888-8550, Nº. 3, 2011, págs. 25-31
  • Idioma: español
  • Enlaces
  • Resumen
    • español

      La Biología Sintética (BS) se centra en el diseño y la construcción de sistemas genéticos artificiales, capaces de desarrollar una función específica después de haber sido introducidos en un sistema vivo. Con el desarrollo de la BS, se observa una nueva generación de bioingenieros que desarrollan complejos circuitos biológicos genéticos con un alto nivel de integración. La mejora de esta disciplina científica tiene por objeto establecer un marco computacional y conceptual que dé asistencia al desarrollo de sistemas biológicos artificiales modulares basándose en una metodología ingenieril y sistemática, para lo que se necesita proveer a la próxima generación de diseñadores en Biología Sintética y a los futuros biotecnólogos e ingenieros biológicos de nuevas herramientas computacionales integradas en un entorno común para el análisis de fenotipos metabólicos, el diseño de nuevos circuitos genéticos complejos y la visualización de mapas metabólicos. Como resultado de esta investigación se obtiene la plataforma Hydra (Hybrid Draw and Routes Analysis), que integra diversas herramientas para el diseño, análisis y visualización de las redes metabólicas.

    • English

      Synthetic biology focuses on the design and construction of artificial genetic systems that are capable of carrying out a specific function after being inserted into a living system. With the development of synthetic biology a new generation of bioengineers has appeared who develop complex, highly integrated genetic biological pathways. The improvement of this scientific discipline aims to establish a computational and conceptual framework that will support the development of modular artificial biological systems based on an engineering and systematic methodology. To achieve this, it will be necessary to provide new integrated computational tools in a common environment for the analysis of metabolic phenotypes, the design of new complex genetic pathways and the visualisation of metabolic maps to the next generation of designers in synthetic biology and future biotechnologists and biological engineers. A result of this research is the Hydra platform (Hybrid Draw and Routes Analysis) that integrates various tools for the design, analysis, and visualisation of metabolic networks.

  • Referencias bibliográficas
    • Wikipedia, Enciclopedia Libre. Documentación libre de GNU. [Internet]. Bioinformática. Disponible en: es.wikipedia.org
    • USDOE. (2005). Genomics: GTL Roadmap: Systems biology for energy and environment. DOE/SC 0090. Disponible en: http://genomicsgtl.energy.gov....
    • DASIKA M., (2008) OptCircuit: An optimization based method for computational design of genetic circuits. BMC Systems Biology 2008, 2,24.
    • GAFFRON H. Reduction of CO2 with H2 in green plants. Nature 1939;143:204–5.
    • APPEL J., SCHULZ R., (1998). Hydrogen metabolism in organisms with oxygenic photosynthesis: hydrogenases as important regulatory devices for...
    • TING CS., ROCAP G., KING J, CHISHOLM SW., (2002). Cyanobacterial photosynthesis in the oceans: the origins and significance of divergent lightharvesting...
    • KASHINO Y., LAUBER WM., CARROLL JA., WANG Q, WHITMARSH J., SATOH K, PAKRASI HB., (2002). Proteomic analysis of a highly active photosystemn...
    • ROOSE JL., PAKRASI HB., (2004). Evidence that D1 processing is required for manganese binding and extrinsic protein assembly into photosystem...
    • SHI T., FALKOWSKI PG., (2008). Genome evolution in cyanobacteria: the stable core and the variable shell. Proc Natl Acad Sci USA, 105:2510-5
    • HUCKA M., (2003) The systems biology markup language (SBML): a medium for representation.
    • BOURNE P. A biological database be different from a biological journal Biol.. Vol. 1. n.º 3. pp. 179–81. DOI Modelo de datos. Disponible en...
    • ALBERCA, A., GÁLVEZ, J., (2008). Modelos avanzados de Bases de Datos. Bases de Datos Orientadas a Objeto y Bases de Datos ObjetoRelacionales.
    • Communications of the ACM, volume=13, issue=6, pages=377-387
    • Database Driven Webservices, 2008.Disponible en: www. Web Services/WebService_with_database_Mysql,_Webservices_database,_Develo/index.html
    • Manual de KEGG API, (2010). Disponible en: http://www.genome.jp/kegg/docs/keggapi_manual.html
    • Manuales de Java en línea. Disponibles en: http://www.desarrolloweb.com/manuales/57/
    • Wikipedia. La Enciclopedia Libre. PostgreSQL. Disponible en: http://es.wikipedia.org/wiki/PostgreSQL
    • SBML Team. «The 5th Workshop on Software Platforms for Systems Biology».
    • YANG C., HUA Q., SHIMIZU K., (2002): Metabolic flux analysis in Synechocystis using isotope distribution from 13C-labeled glucose. Meta Eng...
    • GARCÍA, M. I., (2010). Curso introductorio de XML. Universidad de Granada, España. Disponible en: ttp://geneura.ugr.es/~maribel/xml/introduccion/index.shtml
    • Tutorial de CSharp. Wikipedia, Disponible en: http://msdn.microsoft.com/es-s/vcsharp/default.aspx
    • Tutorial de Visual Studio (2008). Wikipedia, Disponible en: http://es.wikipedia.org/wiki/PostgreSQL
    • Tutorial de ASP.NET. Wikipedia, Disponible en: http://msdn.microsoft.com/es-s/vcsharp/default.aspx
    • SHANNON P., MARKIEL A, OZIER O., (2003). Cytoscape: un ambiente de software para los modelos integrados de las redes biomoleculares de la...
    • FUNAHASHI, A.; MATSUOKA, Y.; JOURAKU, A.; MOROHASHI, M.; KIKUCHI, N.; KITANO, H., (2008). “CellDesigner 3.5: una herramienta de modelado versátil...
    • COPASI: Biochemical Network Simulator. Tutorial. Disponible en: http://www.copasi.org/tiki-view_articles.php
    • LINDBERG P., PARK S., MELIS A., (2010). Engineering a platform for photosynthetic isoprene production in cyanobacteria, using
Fundación Dialnet

Mi Documat

Opciones de artículo

Opciones de compartir

Opciones de entorno